Обзор Molsoft ICM-Pro
Molsoft ICM-Pro — это надежный программный пакет для молекулярного моделирования, разработки лекарств и биоинформатики. Это мощный инструмент для исследователей, химиков и биологов, которым необходимо выполнять сложные молекулярные моделирования и анализы. Он предоставляет прямую ссылку на Protein Data Bank (PDB). После загрузки структуры вы можете проанализировать ее — построить графики Рамачандрана, наложить несколько структур, проанализировать расстояния и углы, рассчитать площади контакта и поверхности, отобразить водородные связи, построить электростатические поверхности и рассчитать карманы связывания лигандов.Возможности Molsoft ICM-Pro
- Программное обеспечение позволяет пользователям визуализировать и анализировать молекулярные структуры в 3D. Это помогает понять структуру и функции белков и других биомолекул.
- Использует уникальный алгоритм стыковки белок-лиганд, который позволяет пользователям точно предсказывать связывание лигандов с белками.
- Предоставляет инструменты для построения моделей гомологии белков на основе их последовательностей.
- Пользователи выполняют моделирование молекулярной динамики для изучения поведения молекул с течением времени.
- Программное обеспечение предоставляет инструменты для выравнивания и анализа последовательностей, которые необходимы для исследований в области биоинформатики.
- Позволяет пользователям создавать модели фармакофоров, которые используются при разработке лекарственных препаратов для выявления потенциальных кандидатов на лекарственные препараты.
Функции
| Анализ структуры белка. ICM-Pro предоставляет прямую ссылку на банк данных белков (PDB). После загрузки структуры вы можете проанализировать ее — построить графики Рамачандрана, наложить несколько структур, проанализировать расстояния и углы, рассчитать площади контакта и поверхности, отобразить водородные связи, построить электростатические поверхности и рассчитать карманы связывания лигандов. Подробнее... |
| ICM Pocket Finder. ICM Pocket Finder — это метод, который идентифицирует сайты связывания лиганда в любой структуре белка, ДНК или РНК. Сайты связывания белок-лиганд определяются на основе карты потенциала сетки взаимодействия Ван-дер-Ваальса рецептора, а поверхности контурируются. Затем вычисляются и табулируются физические свойства карманов, и предоставляется оценка сходства с лекарством. Подробнее... |
| Интерактивный редактор ICM 3D. Интерактивное редактирование химического вещества внутри кармана связывания рецептора. Измените атомы и группы и посмотрите, как эти изменения влияют на энергию связывания лиганда и счет. Повторно прикрепите и минимизируйте лиганд... Подробнее... |
| Инструменты кристаллографического анализа. Ключ к пониманию структуры белка — полная оценка базовой кристаллографической информации, содержащейся в файле PDB. Например, важно понимать полную биологическую единицу белка, чтобы определить, повлияли ли контакты кристалл-кристалл на структуру, или вы можете захотеть контурировать электронную плотность, чтобы увидеть, какая часть лиганда была замечена кристаллографом в активном центре. Читать далее... |
| Стыковка малых молекул. ICM-Pro предоставляет уникальный набор инструментов для моделирования взаимодействий белок/лиганд . ICM-Pro выполняет быструю и точную стыковку полностью непрерывно гибких малых молекулярных лигандов с белком, представленным потенциалами взаимодействия сетки. Также имеются встроенные процедуры для учета индуцированного соответствия, которые включают стыковку множественных рецепторов (4D-стыковку) и явную стыковку рецепторов. Подробнее... |
| Стыковка белок-белок. ICM-Pro содержит хорошо проверенный и успешный алгоритм стыковки белок-белок. ICM-Pro неизменно показывает очень хорошие результаты на всемирном конкурсе по стыковке белок-белок CAPRI. ICM-Pro также содержит алгоритм для прогнозирования участков взаимодействия стыковки белок-белок. Подробнее... |
| Моделирование PROTAC Автоматически и точно моделируйте трехкомпонентный комплекс целевой белок-молекулы PROTAC-лигаза. Подробнее... |
| Прогнозирование структуры белка. ICM-Pro имеет хорошую репутацию в моделировании белка. Существуют процедуры, которые упорядочат или построят остов, встряхнут боковые цепи и петли путем глобальной оптимизации энергии. Вы также можете выполнять моделирование сворачивания небольших пептидов. Подробнее... |
| Прогнозирование эффекта мутации Прогнозирование эффекта мутации на стабильность белка и связывание белок-белок, белок-пептид и белок-лиганд. Подробнее... |
| Инструменты биоинформатики. Пакет ICM-Pro содержит все инструменты ICM-Bio, которые позволяют вам выполнять поиск в базе данных последовательностей с помощью высококачественных глобальных парных и множественных алгоритмов выравнивания и выполнять поиск по шаблону, просайту и профилю. Множественные выравнивания последовательностей выполняются быстро, алгоритм создает эволюционные деревья, представления главных компонентов, перенос аннотаций из последовательности в структуры, потоковые и выравнивающие визуализирующие инструменты. Подробнее... |
| Электростатика. Уравнение Пуассона для молекулы любого размера можно эффективно решить с помощью алгоритма граничных элементов, который не зависит от какой-либо сетки и использует точную аналитическую молекулярную поверхность в качестве границы. ICM-REBEL вычисляет точный электростатический потенциал молекулы с помощью алгоритма граничных элементов и генерирует трехмерную модель поверхностной кожи, окрашенную потенциалом. Решает уравнение Пуассона для молекулы с точными положениями электрических зарядов. Подробнее... |
| Инструменты для химии. Доступны разнообразные инструменты для химии. Химикаты можно рисовать в редакторе молекул ICM и просматривать в химической таблице. Подробнее... |
| Молекулярная графика. ICM-Pro содержит все инструменты ICM-Browser-Pro — полный и надежный набор графических инструментов, все из которых доступны через графический интерфейс. Отображайте свои молекулы в виде проволоки, CPK, шара и стержня, червя, ленты, доступной поверхности, прозрачной молекулярной поверхности, перспективы, глубинных подсказок, гладких и шероховатых твердых поверхностей. Используйте как аппаратное обеспечение, бок о бок и анаглифическое стерео. Подробнее... |
Часто задаваемые вопросы
В: Легко ли им пользоваться?О: У него удобный интерфейс и он прост в использовании. Однако для этого требуются некоторые знания молекулярного моделирования и биоинформатики.
В: Могу ли я использовать его для открытия лекарств?
О: Да, это мощный инструмент для открытия лекарств. Он позволяет пользователям выполнять стыковку белок-лиганд, моделирование молекулярной динамики и моделирование фармакологов, все необходимое для открытия лекарств.
Заключение
Это мощный инструмент для молекулярного моделирования, открытия лекарств и биоинформатики. Он предоставляет пользователям различные функции, включая молекулярную визуализацию, стыковку белок-лиганд, моделирование гомологии, моделирование молекулярной динамики, анализ последовательностей и моделирование фармакологов. Программное обеспечение просто в использовании и поставляется с бесплатной пробной версией. Если вы исследователь, химик или биолог, стоит рассмотреть Molsoft ICM-Pro.
View hidden content is available for registered users!
FREE download for ForumManager
